单细胞测序分析
单细胞测序分析技术主要由三个环节构成:读取原始数据并建立表达矩阵,消除技术误差,细胞聚类与可视化。
这个技术的目的主要是对细胞进行一个“无监督分类”的处理,基于机器学习中的“无监督学习”。
具体步骤如下:
1. 数据导入:首先需要导入数据并获取基因表达数据。如果是10X基因测序数据,可以直接使用10X Genomics提供的工具进行数据导入。
2. 质控:质控的目的是过滤掉异常的数据,例如破损的细胞、非单细胞等。通过每个细胞总体的数据量、线粒体表达量、总体的表达基因的数量来进行分析。根据数据情况,选择合适的参数进行筛选,比如过滤掉高表达量的细胞,过滤掉低表达的细胞等。
3. 数据预处理:这个步骤主要是对数据进行规范化处理,去除批次效应、去除噪声、小规模表达基因的筛选等。
4. 细胞聚类:通过聚类的方式将细胞分类到不同的细胞簇中。
5. 差异表达基因分析:对比不同细胞簇间、或同一个细胞簇内不同条件下的基因表达情况,找出差异表达基因,从而对细胞的身份和功能进行推断。
6. 可视化:将所得数据进行可视化展示,包括热图、t-SNE等,以更直观地展示单细胞数据的分布和特征。
以上是单细胞测序分析的主要步骤,需要具备一些R编程基础,还需要一些对生物信息学和分子生物学的基本理解。